Цитата: ...1) Когда и в каком порядке предоставлять документы. ...
Сроки и периодичность устанавливается договором. Обычно в таких случаях, как Ваш – по окончании работ.
Вы работы выполнили, составили акт в двух экземплярах, подписали сами – отнесли на подпись заказчику. После подписания акта (в течение 5 дней) составляете счет-фактуру в двух экземплярах, подписываете сами и один из них передаете Заказчику, т.е. Лесхозу.
Лесхоз, в свою очередь составляет и передает Вам вместе с каждой партией хлыстов накладные ТОРГ-12 и свой счет-фактуру. Вы подписываетесь на накладной в получении товара и отдаете один экземпляр (если не попросят больше) им обратно. Счет-фактуру подписывать со своей стороны не надо.
Цитата: ...2) Какие документы должны предоставить мы, а какие лесхоз? ...
Вы: акты выполненных работ и счета-фактуры по первому договору, Лесхоз – накладные и счета-фактуры по второму.
Цитата: ...3) Где можно скачать счет-фактуру и как правильно ее заполнить с учетом исходных данных? ...
Счет-фактуру можно скачать где угодно. В инете полно ссылок. Есть и в правовых базах образцы.
Если не найдете, могу Вам выслать в «экселе»
Цитата: ...4) Обязательно ли лесхозу нам перечислять эту сумму(238), а потом нам им (397), когда мы должны им по разнице Всего 159т.руб? Какие будут движения на счете? ...
Совершенно не обязательно. Вы можете периодически (например, один раз месяц или квартал) делать Акт взаимозачета на меньшую из сумм. Остальное доплатите.
Успехов!